Le terme de "matière organique" regroupe en fait diverses substances, ayant pour origine des organismes .

La matière organique regroupe toutes les substances non encore dégradées, demeurant donc facilement identifiables.

L' regroupe diverses substances modifiées par les agents biologiques du sol. Il est noirâtre et a une structure .

La minéralisation transforme la matière organique fraîche en éléments minéraux tels que N, P, S, K .

L' est une suite de réactions biochimiques complexes. Il n'y a pas destruction, mais remaniement des molécules de départ. Les substances humiques sont composées de macromolécules ayant pour ossature des résidus particulièrement stables de .

Pour bien se réaliser elle nécessite des tissus de soutien âgés (particulièrement riches en cellulose et lignine), et suffisamment de matières .

Le coefficient (ou k1) représente le rendement de l'humification. C'est la quantité d'humus obtenue, exprimée en pourcentage de la quantité de matière sèche de départ.

L'humus ne s'accumule pas dans le sol, car lentement et régulièrement il . Il en disparaît ainsi chaque année un certain pourcentage égal au coefficient de lente (K2).

L'humification est favorisée (aux dépens de la minéralisation rapide) par la présence de et d'azote, en bonne proportion. Cette proportion est représentée par le C/N (rapport sur ) de la matière organique. En définitive, le K1 est donc fonction de la matière organique de départ.

La minéralisation transforme l'humus stable en éléments . Sa vitesse est représentée par le K2 ou coefficient de minéralisation lente. Le K2 est uniquement influencé par l'intensité de l'activité du sol.

Les matières organiques fraîches laissées en surface jouent le rôle de mulch (paillage) : elles protègent la structure et l'évaporation.

La décomposition d'une matière organique à C/N trop élevé (par exemple des de blé) peut occasionner une fixation d' minéral, pouvant éventuellement concurrencer la culture.

Au même titre que l', l'humus participe à la formation du C.A.H ; il améliore donc la structure et la structurale.

L'humus présente une grande affinité pour l', et augmente donc la capacité de rétention du sol.

Accessoirement, l'humus par sa couleur noirâtre, facilite le du sol.
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Par ses charges l'humus retient les cations. A poids égal sa capacité d'échange en () est en moyenne 5 (en réalité 4 à 7) fois supérieure à celle de l'argile.

Par sa minéralisation il libère de nombreux éléments minéraux, absorbables par les .